Ulu Öndər Heydər Əliyevin 1993-cü ildə ikinci dəfə siyasi hakimiyyətə qayıdışı ilə Azərbaycanda siyasi stabillik bərpa olundu və tədricən iqtisadi islahatların təməli qoyuldu.
Son dərəcə çətin, mürəkkəb və ziddiyyətli tarixi şəraitdə Azərbaycanda digər sahələrdə olduğu kimi, təhsil sistemində də əsaslı islahatların həyata keçirilməsinə başlanıldı. Azərbaycan Respublikası Prezidenti Heydər Əliyevin 1998-ci il 30 mart tarixli sərəncamı ilə "Azərbaycan Respublikasında təhsil sahəsində islahatlar üzrə Dövlət Komissiyası" yaradıldı və Komissiyaya təhsil islahatı üzrə Dövlət Proqramını hazırlamaq həvalə olundu. Komissiyaya təhsil naziri kimi mən rəhbərlik edirdim. Komissiya bir il ərzində "Azərbaycan Respublikasının təhsil sahəsində İslahat Proqramı"ı hazırladı. Proqram Prezidentin 15 iyun 1999-cu il tarixli Sərəncamı ilə təsdiq olundu. Proqramın qəbulundan sonra təhsilin bütün səviyyə və pillərində, o cümlədən, ali təhsilin idarə olunmasında və məzmununda aparılan islahatlar daha da sürətləndi. Aparılan islahatlarda əsas məqsəd ali təhsilin yeni prinsiplərlə idarə olunmasını təmin etməyə, idarəetmənin dövlət-ictimai xarakterini inkişaf etdirməyə, ali təhsil müəssisələrinə daha geniş səlahiyyət verməyə, onların məsuliyyətini artırmağa, idarə olunmada əksmərkəzləşməni həyata keçirməyə nail olmaq idi. Həmin dövrün ən yadda qalan hadisələrindən biri ölkə Prezidentinin 13 iyun 2000-ci il tarixli Fərmanı ilə 4 ali məktəbə - Bakı Dövlət Universitetinə, Azərbaycan Dövlət Neft Akademiyasına, Azərbaycan Tibb Universitetinə, Azərbaycan Kənd Təsərrüfatı Akademiyasına muxtariyyat hüququnun verilməsi və tabeliyindən asılı olmayaraq, təhsilin keyfiyyətinə nəzarət səlahiyyətinin Təhsil Nazirliyinə verilməsi oldu. Azərbaycan ali təhsilinin Avropaya inteqrasiyası istiqamətində zəruri tədbirlər həyata keçirildi. Azərbaycan Bolonya prosesinə quşuldu. 2005-ci ilin may ayının 19-da Norveçin Bergen şəhərində Avropa ölkələrinin təhsil nazirləri tərəfindən qəbul edilmiş Bolonya Bəyannaməsini Azərbaycan Respublikasının təhsil naziri kimi imzalamaq şərəfi mənə nəsib oldu.
Əvvəlki illərdə olduğu kimi, 2000-2010-cu illərdə də Bakı Dövlət Universiteti ali təhsilimizin flaqmanı olmaq statusunu qoruyub saxladı və daha da inkişaf etdi. Həmin illərdə Bakı Dövlət Universitetinin rektoru vəzifəsində akademik Abel Məhərrəmov, tədris işləri üzrə prorektoru vəzifəsində 1999-2002-ci illərdə dosent Elxan Hüseynov, 2004-2011-ci illərdə professor Vüsət Əfəndiyev, elmi işlər üzrə prorektoru vəzifəsində 2000-2004-cü illərdə akademik Bəhram Əsgərov, 2004-2006-cı illərdə akademik Yusif Məmmədov, 2006-2011-ci illərdə professor İsmayıl Əliyev, humanitar məsələlər üzrə prorektoru vəzifəsində 2000-2003-cü illərdə AMEA-nın müxbir üzvü Şahvələd Xəlilov, 2004-2011-ci illərdə professor Vaqif İbrahimov, beynəlxalq əlaqələr üzrə prorektoru vəzifəsində 2000-2003-cü illərdə dosent Elxan Hüseynov, 2004-2006-cı illərdə professor Rəsul Muradov, 2006-2008-ci illərdə akademik Nərgiz Paşayeva; inzibati və təsərrüfat işləri üzrə prorektoru vəzifəsində 2000-2004-cü illərdə Ağaisa Şeydayev, 2005-2019-cu illərdə Nəbi Ramazanlı çalışırdı. Həmkarlar təşkilatına 1996-2006-cı illərdə professor Məhəmməd Quliyev, 2006-2019-cu illərdə dosent Fikrət Şiriyev, İnformasiya texnologiya mərkəzinə dosent Əzbər Sadayev, Tələbə həmkarlar ittifaqı komitəsinə D.Qəmbərov; Tələbə gənclər təşkilatına T.Əhmədov rəhbərlik edirdi.
2000-ci ilin fevralında Bakı Dövlət Universitetinin 80 illiyi qeyd olundu. Ölkə Prezidentinin 11 fevral 2000-ci il tarixli Fərmanı ilə universitet müəllimlərindən 17 nəfər "Şöhrət" ordeni, 18 nəfər "Tərəqqi" medalı ilə təltif olundu, 13 nəfər Əməkdar elm xadimi, 21 nəfər Əməkdar müəllim fəxri adlarına layiq görüldü. Yubiley tədbirinə gəlmiş qonaqları və universitetin bir qrup əməkdaşını Ümummilli Lider Heydər Əliyev öz iqamətgahında qəbul etdi.
Bakı Dövlət Universiteti ali təhsilin Bolonya prinsipləri əsasında idarə olunması istiqamətində ilk addım atan universitetlərdən biri oldu. Təhsil Nazirliyinin 10 avqust 1999-cu il tarixli əmri ilə təsdiq olunmuş "Tələbələrin biliyinin qiymətləndirilməsinin çoxballı sistemi haqqında Əsasnamə"yə uyğun olaraq, 2000-ci ildən başlayaraq BDU-nun Biologiya fakültəsində eksperiment qaydasında çoxballı sistemin tətbiqinə başlanıldı. Sonrakı illərdə bu sistem universitetin bütün fakültələrini əhatə etdi və nümunə olaraq digər ali təhsil müəssisələrində də yayıldı. Universitetdə ikipilləli təhsil sisteminin təkmilləşdirilməsi, ali təhsilin keyfiyyətinin, tələbələrin və müəllimlərin mobilliyinin inkişaf etdirilməsi, beynəlxalq əlaqələrin genişləndirilməsi istiqamətində uğurlu addımlar atıldı. 2006-cı ildə Təhsil Nazirliyinin təsdiq etdiyi Dövlət Təhsil Standartlarına uyğun yeni tədris planları hazırlandı. Əvvəlkilərdən fərqli olaraq yeni tədris planlarında ciddi dəyişikliklər aparıldı. Nəzəri həftələrin sayı 133-dən 115-ə, semestrlər 17/18 həftədən 15/15 həftəyə endirildi, dərs saatlarının miqdarı bir tədris ilində 4140 saatdan 3010-3510 saata qədər azaldıldı, bir sıra fənlər tədris planından çıxarıldı.
2000-ci ildə BDU-da güclü elmi-pedaqoji potensial toplanmışdı. Universitetdə çalışan 1301 nəfər müəllimdən 179-u elmlər doktoru, professor, 400 nəfəri elmlər namizədi, dosent idi. Həmin il universitetin Şərqşünaslıq fakültəsində yapon dili ixtisası açıldı. Universitetdə yeni informasiya texnologiyalarının, kompüter texnikasının tədris prosesində geniş tətbiqinin təmin edilməsi və informatika fənni üzrə tədrisin keyfiyyətini yaxşılaşdırmaq məqsədilə Tətbiqi riyaziyyat və kibernetika fakültəsinin nəzdində İnformatika kafedrası yaradıldı, müasir idman kompleksi, Altıağac qəsəbəsində tələbələr üçün tədris-təcrübə bazası, müəllimlər üçün istirahət zonası, Nərimanov prospektində yaşayış binaları istifadəyə verildi. Az sonra müasir nəşriyyat və üzgüçülük kompleksi istifadəyə verildi. BDU-nun beynəlxalq əlaqələri genişləndi. 2002-ci ildə BDU Qara Dəniz Hövzəsi Universitetlər şəbəkəsinin mərkəzi seçildi.
2003-cü ildə Şərqşünaslıq fakültəsində Çin dili ixtisası üzrə mütəxəssis hazırlığına başlandı. Nazirlər Kabinetinin 7 yanvar 2005-ci il tarixli qərarı ilə BDU-nun Fizika fakültəsinin nəzdindəki Yarımkeçiricilər fizikası, Kvant kimyası, Amorf təbəqələr fizikası, Bərk cisim elektronikası, Makromolekul məhlullarının fiziki kimyası, Molekulyar biofizika, Yüksək enerjilər fizikası, Maye kristallar, Günəşin Fraunhofer spektri və Ozon generatorları Elmi Tədqiqat Laboratoriyalarının bazasında Fizika Problemləri İnstitutu yaradıldı. Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü Sabir Hacıyev institutun direktoru vəzifəsinə təyin olundu.
2005/06-cı tədris ilində Bakı Dövlət Universiteti Təhsil Nazirliyi tərəfindən akkreditasiyadan keçirildi və ona müvafiq sertifikat verildi. Təhsil Nazirliyinin 20 aprel 2006-cı il tarixli əmri ilə təsdiq edilmiş "Ali təhsil müəssisələrində kredit sistemi ilə tədrisin təşkili barədə nümunəvi Əsasnamə"yə uyğun olaraq, 2006/07-ci tədris ilindən Bakı Dövlət Universitetinin Biologiya və Jurnalistika fakültələrinin birinci kurslarında eksperiment şəklində kredit sisteminin tətbiqinə başlanıldı. Universitetin tarixində ilk dəfə olaraq kredit sistemi tətbiq olunan qruplarda tyutor xidməti yaradıldı. Həmin dövrdə müəllim və tələbə mübadiləsini, birgə beynəlxalq tədqiqat proqram və layihələrini həyata keçirmək məqsədilə BDU ilə Fransanın Sorbonna, Monpelye, Polşanın Varşava, İtaliyanın Florensiya, Yaponiyanın Günma, Cənubi Koreyanın Pay Çay, Sunlin Kollec, Konkuk, Koreya Politexnik, Misir Ərəb Respublikasının Qahirə, Suhaq, Səudiyyə Ərəbistanı Krallığının İslam Aləmi Liqası, İran İslam Respublikasının Tehran, Türkiyənin Kara-Kafkas, Giresun, Yıldız Texnik, İstanbul Aydın, Atatürk, Rusiyanın Moskva Dövlət, Rusiya Dövlət Humanitar, Çelyabinsk Dövlət, Həştərxan Dövlət, Ukraynanın Vinnitsa Milli Texniki, Taras Şevçenko adına Kiyev Milli, Qazaxıstanın Qumilyov adına Avrasiya Milli universitetləri ilə əməkdaşlıq müqavilələri imzalandı. Bu müqavilələr çərçivəsində BDU-da Amerikaşünaslıq Mərkəzi, Azərbaycan-Koreya İnformasiya Mərkəzi, Tarix fakültəsində amerikaşünaslıq ixtisası açıldı, Türkiyədə BDU-nun tələbələri üçün Yay məktəbləri və kursları təşkil olundu, birgə konfrans, seminar və sərgilər keçirildi, ikitərəfli müəllim və tələbə mübadilələri həyata keçirildi.
Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 17 aprel 2006-cı il tarixli Sərəncamı ilə təsdiq olunmuş "Xüsusi istedada malik olan şagirdlərin yaradıcılıq potensialının inkişafı üzrə Dövlət Proqramı"na uyğun olaraq, Respublika Təhsil Nazirliyinin 8 iyun 2007-ci il tarixli əmrinə əsasən, BDU-nun nəzdində "Gənc istedadlar" Liseyi yaradıldı.
2006-cı ildən başlayaraq BDU-da müstəqilliyin ilk illərindən yarımçıq qalmış yeni tədris korpusunun tikintisi sürətləndirildi. 2008-ci il sentyabrın 15-də sahəsi 15000 kvadratmetr olan onmərtəbəli müasir tipli tədris korpusunun açılışı oldu. Açılış mərasimində ölkə Prezidenti İlham Əliyev iştirak etdi. Bir il sonra universitet əməkdaşları üçün 360 mənzilli yeni yaşayış binaları tikilib istifadəyə verildi.
Təhsil Nazirliyinin 24 avqust 2007-ci il tarixli əmrinə əsasən, Bakı Dövlət Universitetində 2007/08-ci tədris ilindən əlavə olaraq faydalı qazıntı yataqlarının axtarışı, geologiyası və plana alınması, kimya, tətbiqi kimya, petrologiya və minerologiya, geofizika, hidrologiya və mühəndis geologiyası, ekoloji kimya, Azərbaycan dili və ədəbiyyatı, regionşünaslıq ixtisasları üzrə tədrisin kredit sistemi ilə təşkilinə başlanıldı. 2008/09-cu tədris ilində Bakı Dövlət Universitetində tədrisin kredit sistemi ilə təşkili kadr hazırlığı aparılan 27 istiqaməti əhatə edirdi. 2009-cu ildə universitetdə bütün ixtisaslar üzrə kredit sisteminə keçildi.
2009-cu ilin sentyabrında Bakı Dövlət Universitetinin təsis edilməsinin 90 ili tamam oldu. Noyabrın 2-də BDU-da yubiley mərasimi keçirildi. Mərasimdə ölkə Prezidenti İlham Əliyev çıxış etdi. Bakı Dövlət Universitetinin 90 illiyi münasibəti ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 10 oktyabr 2009-cu il tarixli Sərəncamına əsasən, universitet əməkdaşlarından 1 nəfər "İstiqlal" ordeni, 1 nəfər "Şərəf" ordeni, 14 nəfər "Şöhrət" ordeni, 38 nəfər "Tərəqqi" medalı ilə təltif olundu. 7 nəfər Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərdi təqaüdünə, 9 nəfər Əməkdar elm xadimi, 32 nəfər Əməkdar müəllim, 2 nəfər Əməkdar hüquqşünas, 1 nəfər Əməkdar jurnalist, 1 nəfər Əməkdar mühəndis, 1 nəfər Əməkdar mədəniyyət işçisi fəxri adlarına layiq görüldü.
2008-ci ildə Bakı Dövlət Universitetinin doktoranturasına fəlsəfə doktoru proqramı üzrə 55 nəfər, elmlər doktoru proqramı üzrə 1 nəfər, dissertanturaya 55 nəfər qəbul olunmuşdu. 2010-cu ildə universitetin bakalavriat səviyyəsinin əyani şöbəsinə 2679 nəfər, qiyabi şöbəsinə 620 nəfər, magistraturaya 624 nəfər tələbə qəbul olunmuşdu.
2000-2010-cu illərdə universitetin professor-müəllim heyətinin tərkibində ciddi keyfiyyət və kəmiyyət dəyişikliyi baş vermişdi. Universitetdə 2000-ci ildə 1301 nəfər müəllim çalışırdısa və onların 179 nəfəri elmlər doktoru, professor; 400 nəfəri elmlər namizədi, dosent idisə, 2010-cu ildə professor-müəllim heyətinin sayı 1442 nəfərə, elmlər doktorları, professorların sayı 306 nəfərə, elmlər namizədi, dosentlərin sayı 542 nəfərə çatmışdı. 2000-ci ildə universiteti 3049 nəfər, 2010-cu ildə 3309 nəfər tələbə bitirmişdi.
Həmin illərdə universitetdə təhsil alan xarici ölkə vətəndaşlarının sayı da xeyli artmışdı. 2000-ci ildə universitetdə 392 nəfər, 2010-cu ildə 1098 nəfər xarici ölkə vətəndaşı təhsil alırdı.
2000-2010-cu illər ərzində universitetin həyatında bir sıra mühüm hadisələr baş verdi. Həmin illərdə İnformasiya Texnologiyaları Mərkəzi, fakültələrin hər birində kompüter sinifləri yaradılmış, siniflərdə lokal şəbəkə qurulmuş və həmin kompüterlərin ümumuniversitet lokal şəbəkəsi vasitəsi ilə internetə çıxışı təmin edilmişdi.
2004-cü ildə BDU-nun İqtisadiyyat kafedrasının bazasında iki müstəqil kafedra - "Ümumi iqtisadiyyat" və "İqtisadi nəzəriyyə" kafedraları, Jurnalistika fakültəsində Beynəlxalq jurnalistika, Kimya fakültəsində Ekoloji kimya kafedraları, Sosial elmlər və psixologiya fakültəsinin Fəlsəfə və sosiologiya kafedrasının bazasında Sosiologiya kafedrası, Biologiya fakültəsində Torpaqşünaslıq kafedrası, Şərqşünaslıq fakültəsində Uzaq Şərq dilləri kafedrası yaradıldı. Filologiya fakültəsinin strukturuna daxil olan Azərbaycan ədəbiyyatı tarixi kafedrası Klassik Azərbaycan ədəbiyyatı kafedrası, Folklor kafedrası Azərbaycan şifahi ədəbiyyatı kafedrası, Azərbaycan dili və metodika kafedrası Azərbaycan dili və ədəbiyyatının tədrisi metodikası kafedrası, Türk və Şərqi slavyan xalqları ədəbiyyatı kafedrası Türk xalqları ədəbiyyatı kafedrası, Rus ədəbiyyatı tarixi kafedrası Klassik rus ədəbiyyatı kafedrası, XX əsr rus ədəbiyyatı və nəzəriyyəsi kafedrası Müasir rus ədəbiyyatı kafedrası adlandırıldı. Coğrafiya fakültəsində Xarici ölkələrin iqtisadi və siyasi coğrafiyası kafedrası - Xarici ölkələrin iqtisadi-siyasi coğrafiyası və turizm kafedrası adlandırıldı.
4 mart 2005-ci ildə BDU-nun Kimya, Fizika, Tətbiqi riyaziyyat və kibernetika, Biologiya fakültələrinin bazasında Nanoaraşdırmalar Mərkəzi yaradıldı. 7 mart 2007-ci ildə Coğrafiya fakültəsində Azərbaycan coğrafiyası kafedrası yaradıldı. 26 noyabr 2008-ci ildə Universitetin Azərbaycan, rus və ingilis dilində veb-saytı istifadəyə verildi.
2000-2010-cu illərdə Bakı Dövlət Universitetində 4 seriya (fizika-riyaziyyat elmləri seriyası, təbiət elmləri seriyası, humanitar elmlər seriyası və sosial-siyasi elmlər) üzrə "Bakı Universitetinin Xəbərləri" elmi jurnalı nəşr olunurdu.
Ölkəmizin elm və təhsil tarixində ilk dəfə olaraq 2008-ci ildə universitetin Tətbiqi Riyaziyyat İnstitutunda hazırlanan və ingilis dilində çap olunan "Applied and Computational Mathematics" jurnalı dünyanın ən məşhur elmi bazası olan Web of Science-ın siyahısına daxil edildi.
Universitetin əməkdaşları Avropa Birliyi İNTAS fondunun 6-cı çərçivə proqramının, Azərbaycan Milli Elm Fondu və Amerikanın Mülki Tədqiqatlar və İnkişaf Fondunun, Ukrayna Elm və Texnologiya Mərkəzinin, Avropa Komissiyasının TEMPUS proqramının, Soros Fondu Açıq Cəmiyyət İnstitutunun qrant layihələrində iştirak edirdi.
Bakı Dövlət Universitetində elmin və təhsilin kitabxana-informasiya xidməti ilə təminatında zəngin kitab fonduna malik Elmi Kitabxana mühüm rol oynayırdı. Elmi Kitabxananın fondunda 2,5 milyon nüsxədən çox ədəbiyyat saxlanılırdı. 5 abonement, 14 oxu zalı, 30 kabinet kitabxanası olan Elmi Kitabxana dünyanın 15 ölkəsinin 30 universiteti ilə kitab, jurnal və qəzet mübadiləsi aparırdı. Kitabxana işinin kompüterləşdirilməsi elmi-tədqiqat laboratoriyasının köməyi ilə ölkədə ilk dəfə olaraq kitabxananın kompüterləşdirilməsi işinə başlanmış, elektron kataloq yaradılmış, kitab, jurnal və qəzet fondunun böyük hissəsi elektron kataloqa salınmışdı. Elmi kitabxanaya Sara İbrahimova rəhbərlik edirdi.
Universitetin müasir çap maşınları və texnologiyalarla təchiz edilmiş nəşriyyatına 2000-2006-cı illərdə Balakişi Ağayev, 2006-cı ildən İslam Şirinov rəhbərlik edirdi. "Bakı Universiteti Nəşriyyatı" dərslik, dərs vəsaitləri, proqram və metodik göstərişlərin, hətta irihəcmli monoqrafiyaların çap edilməsi sahəsində ciddi uğurlar qazanmışdı.
2000-2010-cu illərdə universitetdə 16 fakültə fəaliyyət göstərirdi.
1. Mexanika-riyaziyyat fakültəsi. Fakültəyə 1999-2007-ci illərdə professor Qəmbər Namazov, 2008-ci ildən professor Nizaməddin İsgəndərov rəhbərlik edirdi. Fakültədə 9 kafedra, 3 tədris laboratoriyası fəaliyyət göstərirdi. Riyazi analiz kafedrasına 2000-2001-ci illərdə dosent Şəmməd İbrahimov, 2001-2005-ci illərdə professor Nazim Kərimov, 2006-2010-cu illərdə Sadiq Abdullayev, Nəzəri mexanika və bütöv mühit mexanikası kafedrasına professor Rafiq Əmənzadə, Funksiyalar nəzəriyyəsi və funksional analiz kafedrasına professor Əli Əhmədov, Cəbr və həndəsə kafedrasına dosent Vaqif Qasımov, Diferensial və inteqral tənliklər kafedrasına professor Qəmbər Namazov, Hesablama riyaziyyatı kafedrasına 2000-2006-cı illərdə professor Vaqif İbrahimov, 2006-2010-cu illərdə professor Qalina Mehdiyeva, Riyaziyyatın tədrisi metodikası kafedrasına professor Karlen Xudaverdiyev, İdarəetmə nəzəriyyəsinin riyazi üsulları kafedrasına professor Məmməd Yaqubov, Ali riyaziyyat kafedrasına 2000-2002-ci illərdə dosent Fərman Əliyev, 2002-ci ildən professor Misir Mərdanov rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil Azərbaycan və rus dillərində aparılır, professor müəllim heyəti 84 nəfərdən ibarət idi. Bakalavr pilləsində 1138 nəfər, magistr pilləsində 74 nəfər, doktoranturada 13 nəfər, dissertanturada 19 nəfər təhsil alırdı.
2. Tətbiqi riyaziyyat və kibernetika fakültəsi. Fakültəyə 2000-2004-cü illərdə AMEA-nın müxbir üzvü Yusif Məmmədov, 2008-ci ildən akademik Məhəmməd Mehdiyev rəhbərlik edirdi. Fakültədə 11 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Tətbiqi riyaziyyat kafedrasına 2000-2008-ci illərdə akademik Mirabbas Qasımov, 2009-2010-cu illərdə professor Həmzəağa Orucov, Riyazi fizika tənlikləri kafedrasına 2000-ci ildən akademik Yusif Məmmədov, Optimallaşdırma və idarəetmə kafedrasına 2000-2010-cu illərdə professor Asəf İsgəndərov, Riyazi kibernetika kafedrasına professor Kamil Mənsimov, İnformasiya texnologiyaları və proqramlaşdırma kafedrasına professor Ələkbər Əliyev, Tətbiqi analizin riyazi üsulları kafedrasına akademik Məhəmməd Mehdiyev, Əməliyyatlar tədqiqi və riyazi modelləşdirmə kafedrasına akademik Cəlal Allahverdiyev, Ehtimal nəzəriyyəsi və riyazi statistika kafedrasına akademik Asəf Hacıyev, Riyazi iqtisadiyyat və iqtisadi ekoloji sistemlərin modelləşdirilməsi kafedrasına 2000-2006-cı illərdə professor Əli Nağıyev, 2007-2010-cu illərdə professor Namiq Tağıyev, İnformatika kafedrasına dosent Mübariz Xəlilov, İqtisadi informatika kafedrasına professor Rizvan Paşayev rəhbərlik edirdi. Fakültədə elmi-pedaqoji fəaliyyətlə 80 nəfər məşğul olurdu. Bakalavr pilləsində 1200 nəfər təhsil alırdı. Onların 53-ü xarici ölkə vətəndaşı idi. Magistratura pilləsində 65 nəfər, doktoranturada isə 18 nəfər oxuyurdu.
3. Fizika fakültəsi. Fakültəyə 2000-2004-cü illərdə professor Rəsul Muradov, 2004-2012-ci illərdə professor Rasim Məmmədov rəhbərlik edirdi. Fakültənin 9 kafedrasında 91 nəfər professor-müəllim çalışırdı. Ümumi fizika kafedrasına professor Məzahir Pənahov, Nəzəri fizika kafedrasına 2000-2005-ci illərdə professor İsmət Nəcəfov, 2005-2006-cı illərdə professor Rəsul Muradov, 2006-cı ildən professor Məmməd Rəcəbov; Optika və molekulyar fizika kafedrasına 1994-2011-ci illərdə professor Faiq Əhmədov; Yarımkeçiricilər fizikası kafedrasına professor Aydın Kazımzadə; Maddə quruluşu kafedrasına professor Eldar Məsimov; Bərk cisimlər fizikası kafedrasına akademik Bəhram Əsgərov; Fiziki elektronika kafedrasına professor Əhməd Abdinov; Astrofizika kafedrasına professor Cəfər Quluzadə; Nanomaterialların kimyəvi fizikası kafedrasına 2000-2005-ci illərdə professor Tahir Mürsəlov, 2006-cı ildən professor Məmmədəli Ramazanov rəhbərlik edirdi. Fakültədə tədris Azərbaycan və rus dillərində aparılırdı. Bakalavr pilləsində 911 nəfər, magistratura pilləsində 66 nəfər, 12 nəfər doktorant təhsil alırdı.
4. Kimya fakültəsi. Fakültəyə 2000-2006-cı illərdə professor Eldar Əhmədov, 2006-cı ildən professor Abdulsəyid Əzizov rəhbərlik edirdi. 100 nəfər professor-müəllim heyətinin çalışdığı fakültədə 8 kafedra, 6 elmi-tədqiqat laboratoriyası, 34 tədris laboratoriyası fəaliyyət göstərirdi. Üzvi kimya kafedrasına 2000-2002-ci illərdə professor Məhərrəm Məhərrəmov, 2002-ci ildən akademik Abel Məhərrəmov; Ümumi və qeyri-üzvi kimya kafedrasına 2000-2005-ci illərdə professor Məhəmməd Babanlı, 2005-ci ildən professor Teymur İlyasov; Analitik kimya kafedrasına 2000-2006-cı illərdə professor Dəmir Qəmbərov, 2006-cı ildən professor Famil Çıraqov; Fiziki və kolloid kimyası kafedrasına 2000-2003-cü illərdə dosent Eylaz Eylazov, 2004-cü ildən professor Eldar Əhmədov; Ekoloji kimya kafedrasına 2003-cü ildən Sevinc Hacıyeva; Neft kimyası və kimya texnologiyası kafedrasına 1988-ci ildən professor Musa Bayramov; Yüksək molekullu birləşmələr kafedrasına 1998-ci ildən professor Oktay Əkbərov; Kimyanın tədrisi metodikası kafedrasına 1987-ci ildən dosent Əyyub Əzizov rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil əyani formada Azərbaycan, rus və ingilis dillərində aparılırdı. Fakültədə təhsil alan bakalavr və magistrlərin təlim-tərbiyəsi ilə 100 nəfər professor-müəllim heyəti məşğul idi. Fakültədə 78 nəfər magistr təhsil alır, 22 nəfər doktorant və 29 nəfər dissertant namizədlik dissertasiyası üzərində çalışırdı.
5. Biologiya fakültəsi. Fakültəyə professor Ağavəli İbrahimov rəhbərlik edirdi. Fakültədə 10 kafedra, 2 elmi-tədqiqat laboratoriyası, 2 tədris muzeyi, 22 tədris laboratoriyası, zəngin herbari fondu və Quba rayonunun II Nüvədi kəndində tədris-təcrübə bazası fəaliyyət göstərir. İnsan və heyvan fiziologiyası kafedrasına 1997-ci ildən professor Əli Əliyev; Botanika kafedrasına 1992-ci ildən professor Elşad Qurbanov; Onurğasızlar zoologiyası kafedrasına professor Fərzəli Ağamalıyev; Onurğalılar zoologiyası və bioekologiya kafedrasına professor Qara Mustafayev; Bitki fiziologiyası kafedrasına professor Nemət Qasımov; Mikrobiologiya kafedrasına professor Rahib Abuşov; Genetika və darvinizm kafedrasına professor Rauf Quliyev; Biokimya və biotexnologiya kafedrasına professor Akif Quliyev; Biofizika və molekulyar biologiya kafedrasına professor Xanlar Abdullayev; Torpaqşünaslıq kafedrasına akademik Qərib Məmmədov rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 901 nəfər bakalavr və magistrin təlim-tərbiyəsi ilə 93 nəfərdən ibarət professor-müəllim məşğul olurdu.
6. Coğrafiya fakültəsi. Fakültəyə professor Müseyib Müseyibov rəhbərlik edirdi. Fakültədə 7 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Fiziki coğrafiya kafedrasına professor Müseyib Müseyibov; İqtisadi və sosial coğrafiya kafedrasına professor Tapdıq Həsənov; Xarici ölkələrin iqtisadi-siyasi coğrafiyası və turizm kafedrasına dosent Gülsabah Hacıyeva; Hidrometeorologiya kafedrasına 2000-2004-cü illərdə professor Maqbet Məmmədov, 2004-cü ildən professor Fərda İmanov; Azərbaycan coğrafiyası kafedrasına professor Vüsət Əfəndiyev; Geodeziya və kartoqrafiya kafedrasına dosent Rafiq Babayev; Ətraf mühiti mühafizə və təbii ehtiyatlardan səmərəli istifadə kafedrasına professor Şövqi Göyçaylı rəhbərlik edirdi.
7. Geologiya fakültəsi. Fakültəyə dosent Adil Xasayev rəhbərlik edirdi. Fakültədə 6 kafedra, 4 elmi-tədqiqat laboratoriyası, Azərbaycanın faydalı qazıntılar muzeyi fəaliyyət göstərirdi. Faydalı qazıntılar kafedrasına akademik Vasif Babazadə, Ümumi geologiya və hidrogeologiya kafedrasına 2003-cü ilədək dosent Aydın Məsimov rəhbərlik etmişdir. 2003-cü ildə kafedra iki müstəqil kafedraya ayrılmışdır. Ümumi geologiya kafedrasına prosessor Sərdar Səmədov; Hidrogeologiya və mühəndis geologiyası kafedrasına 2008-ci ilədək dosent Aydın Məsimov, 2008-ci ildən dosent Adil Xasayev; Kristalloqrafiya, mineralogiya və geokimya kafedrasına 2000-2006-cı illərdə professor Ədhəm Mahmudov, 2006-cı ildən professor Məmməd Çıraqov; Paleontologiya və tarixi geologiya kafedrasına 2000-2008-ci illərdə professor Vahid Ağayev, 2008-ci ildən dosent Bahadır Qələndərov; Seysmologiya və yer təkinin fizikası kafedrasına 2001-2004-cü illərdə dosent Adil Xasayev, 2004-cü ildən dosent Əli Novruzov rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 706 bakalavr və 41 nəfər magistrin təlim tərbiyəsi ilə 37 nəfər professor-müəllim heyəti məşğul olurdu.
8. Filologiya fakültəsi. Fakültəyə 2000-2001-ci illərdə akademik Nizami Cəfərov, 2002-2006-cı illərdə professor Qara Namazov, 2006-cı ildən professor Elbruz Əzizov rəhbərlik edirdi. Fakültədə 16 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Ümumi dilçilik kafedrasına 2001-ci ildən akademik Nizami Cəfərov; Azərbaycan dilçiliyi kafedrasına akademik Ağamusa Axundov; Klassik Azərbaycan ədəbiyyatı kafedrasına 2000-2001-ci illərdə professor Baba Babazadə, 2002-2008-ci illərdə professor Qara Namazov, 2008-ci ildən akademik Nərgiz Paşayeva rəhbərlik edir; Müasir Azərbaycan ədəbiyyatı kafedrasına professor Cəlal Abdullayev; Azərbaycan şifahi xalq ədəbiyyatı kafedrasına professor Azad Nəbiyev; Türkologiya kafedrasına akademik Tofiq Hacıyev; Azərbaycan dili və ədəbiyyatının tədrisi metodikası kafedrasına professor Yusif Seyidov; Dünya ədəbiyyatı kafedrasına professor Cəlil Nağıyev; Türk xalqları ədəbiyyatı kafedrasına professor Pənah Xəlilov; Rus dilçiliyi kafedrasına professor Lalə Hüseynova; Klassik rus ədəbiyyatı kafedrasına professor Aqil Hacıyev; Müasir rus ədəbiyyatı kafedrasına professor Seyfulla Əsədullayev; Humanitar fakültələr üzrə rus dili kafedrasına 2000-2004-cü illərdə professor Almaz Səmədova, 2004-cü ildən dosent Ədibə Paşayeva; Təbiət fakültələri üzrə rus dili kafedrasına professor Mikayıl Cəfərov; İngilis dili kafedrasına dosent Abbas Abbasov; Alman və fransız dilləri kafedrasına 2001-2007-ci illərdə dosent Əminə Əliyeva, 2007-ci ildən dosent Elmira Fərəcullayeva rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 1259 nəfər bakalavr və 106 nəfər magistrin təlim tərbiyəsi ilə 242 nəfər professor-müəllim məşğul olurdu.
9. Tarix fakültəsi. Fakültəyə 2000-2005-ci illərdə akademik Yaqub Mahmudov, 2005-ci ildən professor Sani Hacıyev rəhbərlik edirdi. Fakültədə 9 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Arxeologiya və etnoqrafiya kafedrasına 2000-2003-cü illərdə professor Həvil Həvilov, 2003-cü ildən professor Qüdrət İsmayılzadə; Qədim dünya və orta əsrlər tarixi kafedrasına akademik Yaqub Mahmudov; Avropa və Amerika ölkələrinin yeni və müasir tarixi kafedrasına professor Məmməd Fətəliyev; Türk və Qafqaz xalqları tarixi kafedrasına professor Əsmət Muxtarova; Asiya və Afrika ölkələri tarixi kafedrasına professor Məhəd Sofiyev; Slavyan ölkələri tarixi kafedrasına professor Tofiq Vəliyev; Azərbaycan tarixi (təbiət fakültələri üzrə) kafedrasına 2001-2005-ci illərdə professor Seyidağa Onullahi, 2005-ci ildən dosent Mehman Abdullayev; Azərbaycan tarixi (humanitar fakültələr üzrə) kafedrasına 2000-2004-cü illərdə professor Qurban Bayramov, 2004-cü ildən dosent Azad Rzayev; Azərbaycan tarixinin mənbəşünaslığı, tarixşünaslığı və metodika kafedrasına professor Anar İsgəndərov rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 1228 bakalavr və magistrlərin təlim tərbiyəsi ilə 157 nəfərdən ibarət professor-müəllim məşğul olurdu.
10. Beynəlxalq münasibətlər və beynəlxalq hüquq fakültəsi. Fakültəyə 2000-2006-cı illərdə dosent Sədiyar Zeynalov, 2006-cı ildən professor Zeynal Həsənalıyev rəhbərlik edirdi. Fakültədə 7 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Beynəlxalq münasibətlər kafedrasına professor Ağalar Abbasbəyli; Diplomatiya və müasir inteqrasiya prosesləri kafedrasına professor Hicran Hüseynova; Beynəlxalq ümumi hüquq kafedrasına professor Rüstəm Məmmədov; Beynəlxalq xüsusi hüquq və Avropa hüququ kafedrasına dosent Sədiyar Zeynalov; Beynəlxalq iqtisadi münasibətlər kafedrasına 2000-2009-cu illərdə professor Adil Qasımov, 2009-cu ildən dosent Hacı Rüstəmbəyov; Gömrük işinin təşkili və idarəetmə kafedrasına dosent Amil Məmmədov; Xarici dillər kafedrasına 2000-2006-cı illərdə dosent Möminət Ömərova rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 276 nəfər bakalavr və magistrin təlim tərbiyəsi ilə 43 nəfərdən ibarət professor-müəllim məşğul olurdu.
11. Hüquq fakültəsi. Fakültəyə 2001-2002-ci illərdə professor Namiq Əliyev, 2002-2003-cü illərdə professor Yusif Mehdiyev, 2003-2007-ci illərdə professor Kamilə Sarıcalinskaya, 2007-2011-ci illərdə professor Firudin Səməndərov rəhbərlik etmişdir. Fakültədə 7 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Dövlət və hüquq nəzəriyyəsi və tarixi kafedrasına Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü Məsumə Məlikova; Konstitusiya hüququ kafedrasına professor Murtuz Ələsgərov; Mülki hüquq kafedrasına 2000-2003-cü illərdə professor Yusif Mehdiyev, 2004-cü ildən Rəisə Dünyamalıyeva; Cinayət hüququ və kriminologiya kafedrasına professor Firudin Səməndərov; Cinayət prosesi kafedrasına 2000-2005-ci illərdə professor Cəfər Mövsümov, 2006-cı ildən professor Firuzə Abbasova; Mülki proses, əmək və ekologiya hüququ kafedrasına 2001-2002-ci illərdə dosent Mövsüm Mövsümov, 2002-ci ildən professor Alış Qasımov; Kriminalistika və məhkəmə ekspertizası kafedrasına professor Kamil Səlimov rəhbərlik edirdi.
12. Jurnalistika fakültəsi. Fakültəyə 1999-2012-ci illərdə professor Yalçın Əlizadə rəhbərlik etmişdir. Fakültədə dörd kafedra fəaliyyət göstərirdi. Jurnalistikanın nəzəriyyəsi və təcrübəsi kafedrasına 2000-2003-cü illərdə professor Famil Mehdi, 2004-cü ildən professor Cahangir Məmmədli; Mətbuat tarixi kafedrasına professor Şamil Vəliyev; Televiziya və radio jurnalistikası kafedrasına professor Yalçın Əlizadə, Beynəlxalq jurnalistika kafedrasına professor Həmid Vəliyev rəhbərlik edirdi.
13. Kitabxanaçılıq-informasiya fakültəsi. Fakültəyə professor Xəlil İsmayılov rəhbərlik edirdi. Fakültədə dörd kafedra fəaliyyət göstərirdi. Kitabxanaşünaslıq kafedrasına professor Abuzər Xələfov; Biblioqrafiyaşünaslıq kafedrasına 2000-2008-ci illərdə professor Zöhrab Əliyev, 2008-ci ildən dosent Nadir İsmayılov; Kitabxana resursları və informasiya axtarış sistemləri kafedrasına 2000-2007-ci illərdə dosent Tacəddin Quliyev, 2007-ci ildən professor Xəlil İsmayılov; Kitabşünaslıq və nəşr işi kafedrasına professor Bayram Allahverdiyev rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 430 bakalavr və 40 nəfər magistrin təlim tərbiyəsi ilə 29 nəfər professor-müəllim məşğul olurdu.
14. Şərqşünaslıq fakültəsi. Fakültəyə 2000-2002-ci illərdə dosent Əbdüləli Kərimov, 2002-ci ildən dosent Elxan Əzizov rəhbərlik edirdi. Fakültədə dörd kafedra fəaliyyət göstərirdi. Ərəb filologiyası kafedrasına akademik Vasim Məmmədəliyev; İran filologiyası kafedrasına 2000-2006-cı illərdə dosent Tofiq Cahangirov, 2006-cı ildən professor Mehdi Kazımov; Türk filologiyası kafedrasına professor Rüfət Rüstəmov; Uzaq Şərq dilləri və ədəbiyyatı kafedrasına dosent Oktay Cəlilbəyli rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 462 nəfər bakalavr və magistrin təlim-tərbiyəsi ilə 40 nəfər professor-müəllim məşğul olurdu.
15. Sosial elmlər və psixologiya fakültəsi. Fakültəyə 2000-2006-cı illərdə dosent Fazil Vahidov, 2006-cı ildən professor Hikmət Əlizadə rəhbərlik edirdi. Fakültədə 10 kafedra fəaliyyət göstərirdi. Təbiət fakültələri üzrə fəlsəfə kafedrasına akademik Fuad Qasımzadə; Humanitar fakültələr üzrə fəlsəfə kafedrasına professor Həmid İmanov; Fəlsəfə tarixi və mədəniyyətşünaslıq kafedrasına 2000-2008-ci illərdə professor Məmmədəli Zeynalov, 2008-ci ildən professor Rəbiyyət Aslanova; Sosiologiya kafedrasına 2000-2004-cü illərdə professor Cəmil Əhmədli, 2004-cü ildən professor İzzət Rüstəmov; Politologiya və sosiologiya kafedrasına 1997-ci ildən professor Əli Əhmədov; Psixologiya kafedrasına 1997-ci ildən Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının müxbir üzvü Bəxtiyar Əliyev; Gender və tətbiqi psixologiya kafedrasına dosent Rəna İbrahimbəyova; Pedaqogika kafedrasına professor Nübar Muxtarova; Ümumi iqtisadiyyat kafedrasına dosent Sabir İbadov; İqtisadi nəzəriyyə kafedrasına professor Hikmət Əlizadə rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 934 magistr və bakalavrın təlim tərbiyəsi ilə 120 nəfərdən ibarət professor-müəllim məşğul olurdu.
16. İlahiyyat fakültəsi. Fakültəyə akademik Vasim Məmmədəliyev rəhbərlik edirdi. Fakültədə iki kafedra fəaliyyət göstərirdi. Dillər kafedrasına dosent Çimnaz Mirzəzadə; İslam elmləri kafedrasına professor Muammer Erbaşdır rəhbərlik edirdi. Fakültədə təhsil alan 206 nəfər tələbənin təhsil-tərbiyəsi ilə 20 nəfərdən ibarət professor-müəllim məşğul olurdu.
2000-2010-cu illərdə Xarici tələbələrlə iş üzrə dekanlığa dosent Gülheyran Rəhimova rəhbərlik edirdi. 2008/09-cu tədris ilində BDU-nun 16 fakültəsində 14 ölkədən 1238 nəfər xarici ölkə vətəndaşı təhsil alırdı. Onlardan 922-si bakalavr, 60-ı magistr, 248-i fəlsəfə proqramı üzrə doktorant, 5-i dissertant. 3-ü elmlər proqramı üzrə doktorant olmuşdur.
Tətbiqi riyaziyyat elmi-tədqiqat institutuna akademik Fikrət Əliyev rəhbərlik edirdi. İnstitutda hazırlanan və ingilis dilində çap olunan "Applied and Computational Mathematics" jurnalı Azərbaycanın elm tarixində Thomson Reuters agentliyinin siyahısına düşmüş və impact faktor almış ilk jurnal idi.
Beləliklə, 2000-2010-cu illər BDU-nun inkişafnda kəmiyyət və keyfiyyət dəyişikliyi ilə yadda qaldı. Universitetin beynəlxalq əlaqələri ildən-ilə genişləndi, elmi dərəcəlilərin sayı artdı, kadr hazırlığında diqqətəlayiq uğurlar qazanıldı, yeni elmi nailiyyətlərə imza atıldı. Universitet əməkdaşlarının böyük bir qrupu orden və medallarla təltif olundu, fəxri ad alanların, AMEA-nın həqiqi və müxbir üzvü seçilənlərin sayı artdı. Qazanılan elmi və tədris uğurları nəticəsində 2010-cu ilin dekabrında Akademik Göstəricilərə görə Universitetlərin Reytinqində ("University Ranking by Academic Performance" - URAP) Bakı Dövlət Universiteti dünyanın ən yaxşı 2000 universitetinin siyahısına düşdü və cədvəldə 1951-ci pillədə qərarlaşdı.
çap et