Onun babaları Naxçıvanda torpaq sahibkarlarından idilər. Elə atası Nəcəfqulu ağanın Cəhri, Xəlilli (Cümşüdlü), Dib Anzır, Yamxana, Yurdçu və Şahtaxtı kəndlərində əkin sahələri vardı. Bu torpaqlar sonralar İsa Sultana atasından miras kimi qalmışdı. Sankt-Peterburqdakı tələbəlik həyatı gənc İsa Sultanı daha da açıqfikirli və mübariz bir ziyalı kimi yetişdirdi. Vətənpərvər və çətin məqamlarda belə, sözünü qorxmadan deyən İsa Sultan çar xəfiyyəsinin gizlində çox izlədiyi adamlardan biri idi. 1874-cü ildə o, Sankt-Peterburqda təhsil aldığı ixtisas üzrə tam kursu vaxtından əvvəl başa vurdu. Ancaq Tiflisə və Naxçıvana dönməzdən əvvəl Avropanı səyahətə çıxdı. O, Londonda, Parisdə və Sürixdə təbiət elmlərinə aid mühazirələrin dinləyicisi oldu. Uşaqlıqdan dağların və meşələrin vurğunu idi. Buradaca bir haşiyə çıxmaq istərdik.
Onun Şahtaxtında yaşayan ata-babalarının Dərələyəzin ən gözəl yerlərində yaylaqları vardı. Hələ uşaqkən getdiyi gözəl yaylaqlardan biri Gədikvəngin yuxarısındakı dağların sinəsində idi. Bu dağlardan başlayan və çox sürətlə Arpaçayla qovuşmağa tələsən Kəngərli çayının sahilindəki yurd yerlərini Şahtaxtinskilərin ağsaqqalları və ağbirçəkləri son illərdə də yaxşı xatırlayırdılar. XX yüzilliyin əvvəllərində İbrahim ağanın şərəfinə adlandırılan "İbrahim ağanın yurdu" bu gün Dərələyəzə aid yazılan kitablarda tez-tez xatırlanır.
Meşələrin insanlara verdiyi fayda İsa Sultanın o qədər marağında idi ki, buna aid çoxsəhifəlik bir elmi iş yazdı. Bu dissertasiyaya görə ona kənd təsərrüfatı və meşəçilik namizədi elmi dərəcəsi verildi ("Kavkaz" qəzeti, 7 noyabr 1894-cü il tarixli nömrəsində). 1876-cı ilin sentyabr ayında Tiflisə dönən İsa Sultanın 25 yaşı vardı. O, Tiflisdə "Tiflis xəbərləri" qəzetində yazılar çap etdirməklə bərabər, həm də qəzetə maddi yardım edirdi. Sonralar elə oldu ki, o, qəzetin siyasət şöbəsinə rəhbərlik etdi. Və Tiflisdə nəşr olunacaq məşhur "Molla Nəsrəddin" jurnalının təsisinə hələ 30 il qalırdı. O, qəzetdə işləsə də, ata vətəni Naxçıvanı unutmurdu. Onun yazdığı və bu qəzetdə çap etdirdiyi "Naxçıvan və Kulpi duz mədənləri" məqaləsinə XIX əsrin birinci yarısında Naxçıvanın iqtisadiyyatını araşdırırdı. Təqiblərə baxmayaraq, İsa Sultan 1877-ci il martın 11-də "Kavkazski almanax"ın nəşrinə rəsmi icazə aldı. Bu almanaxda əsasən Qafqazşünaslıq və Qafqazın iqtisadiyyatı ümdə yer tuturdu. İsa Sultanın fəaliyyətinə ciddi maneələr yaradan çar xəfiyyələri onun xalqın mənafeyini müdafiə etmək çağırışı olan məcmuəsini ləğv etmək üçün dəridən-qabıqdan çıxırdılar. 1877-ci ilin aprelində başlanan Rusiya-Türkiyə müharibəsi Tiflisdə də sakitliyi pozdu. Rus ordusu 1877-ci il oktyabrın 15-də Qarsı işğal etdi.
Çar Rusiyasının rus və türk dillərini bilən dövlət məmurlarına böyük ehtiyacı vardı. Rusiya istəyirdi ki, Qafqazı həmişə öz tabeliyində saxlasın. Belə bir zamanda İsa Sultan Şahtaxtinski səfərbərliyə alındı və 1877-ci ilin axırında Qarsa göndərildi. Onun həyatının 16 ili Qarsla bağlı olub. Rusiya hökuməti 1878-ci il yanvarın 1-də İsa Sultanı Qars vilayəti rəisi yanında xüsusi tapşırıqlar üzrə məmur vəzifəsinə təyin etdi. 1879-cu il yanvarın 1-dən etibarən o, bu sahədə baş məmur təyin edilir. 1879-cu ilin dekabrında Rusiya ilə Osmanlı imperiyası arasında gedən danışıqlarda bəzi məsələləri nizama salmaq üçün İstanbul şəhərində üç ay ezamiyyətə göndərilən İsa Sultan bu müddətdə uşaqlıqdan görmək istədiyi bu qədim şəhərlə yaxından tanış olur. Axı o, hər şeydən əvvəl qələm sahibi idi. 1880-ci ildə Ərzurumda da olmuşdu. O, bu vaxtlar Qars hərbi qubernatorluğunun mülki işlər üzrə dəftərxanasının rəisi idi. Qeyd edək ki İsa Sultan Şahtaxtinski 1878-ci ilin oktyabrından 1879-cu ilin 1 yanvarınadək Qars şəhər idarəsinin rəisi, yəni
şəhər meri vəzifəsində işləmişdir. İsa Sultan Şahtaxtinski Rusiya imperiyası ilə Osmanlı dövləti arasında münasibətlərin nizama salınmasında oynadığı əhəmiyyətli diplomatik fəaliyyətinə görə Türkiyə hökuməti onu üçüncü dərəcəli "Məcidiyyə" ordeni ilə təltif etmişdi. Axı İsa Sultan Rusiya məmuru olsa da, türk balası idi. İsa Sultan Şahtaxtinskinin diplomatik fəaliyyətinə görə İran dövləti onu "Siri-Xurşid" ("Şir və Günəş") ordeninə layiq görmüşdü. Rusiya dövlətinin də bir çox ordenlərinin sahibi olmuşdu. Hətta ona mükafat olaraq brilyant üzük də Qafqaz Canişini tərəfindən təqdim edilmişdi. 1883-cü ilin aprel ayında o, Qars vilayəti hərbi qubernatorunun dəftərxana rəisi təyin olunur. İsa Sultan hətta Qarsda da ədəbi, elmi fəaliyyətindən əl çəkmir. Burada rus dilində "Qars" qəzetini nəşr etdirir. 1885-ci ildə Tiflisdə yaşayan və istefada olan kapitan Allahyar Ağalarovun qızı Səkinə xanımla evlənir. Tiflisdə Səkinə xanımı hamı "Sofiya xanım" deyə çağırırdı. Ağalarovlar əsasən Tiflisdə, Gəncədə və Bakıda yaşayırdılar. Bu nəsil də Azərbaycan tarixində məşhur şəxsiyyətlər yetirib. Səkinə (Sofiya) xanım rus və Azərbaycan dillərində savadlı idi. Bu qadın Mirzə Cəlillə Həmidə xanımın da ailə qurmasına səbəb olmuşdu. Sonralar Mirzə Cəlil özünün sələfi olan İsa Sultanın ailəsindən maddi, mənəvi köməyini əsirgəməmişdi. İsa Sultan ilə Sofiya xanımın nikahından 6 övlad dünyaya gəlib. Tiflisdə arxivdə işləyərkən onun əmək (formulyar) kitabçasında qızlarının adlarına rast gəldik. Amma nədənsə beşinin adı yazılıb. Leyla Banu (bəyim deməkdir). (Doğulma tarixi 13 yanvar, 1886), Nazlı Banu (25 sentyabr,1887), Fatma Banu (3 may, 1889), Adilə Banu (4 aprel, 1891), Cəmilə Banu (5 fevral, 1893). Burada bir məsələni deyək ki, Adilə bəyimin doğum tarixi sovet hakimiyyəti illərində olan nəşrlərdə 17 aprel 1894-cü il kimi göstərilib. Yəqin ki, axtarışlar həqiqəti deyəcək. Gənc ailəni kədər tez tapdı. İsa Sultan Şahtaxtinski 1894-cü il oktyabrın 17-də 43 yaşında Tiflisdə vəfat etdi. O, Səkinə xanımla 9 il ailə sevincində yaşaya bildi. Qarsın sərt dağ iqlimi onun səhhətinə pis təsir etsə də, çar hökuməti İsa Sultanın işdən ayrılıb müalicəyə getməsinə imkan vermədi. Səkinə (Sofiya) xanım ərini Qarsdan Tiflisə ağır xəstə halında gətirdi. Bəzən onun vəfat məkanını Qars da yazırlar. Bu, doğru deyil. Çünki o vaxtlar çox populyar "Kavkaz" qəzeti verdiyi nekroloqda onun haqqında müfəssəl məlumat yazıb.
Qəzetin yazdığına görə, dəfn mərasimi oktyabrın 21-də olub. Çünki onun ata-anasının, qardaşının (Əli ağanın) və digər qohumlarının gəlişini gözləmişdilər. O biri qardaşı Əbülfət ağa Rusiya ordusunda hərbi xidmətdə idi. İsa Sultanın qardaşları Əbülfət ağa və Əliağa Rusiya ordusunun polkovniki olublar. Onu şəhərin müsəlman qəbiristanlığında torpağa tapşırmışdılar. Bu haqda "Kavkaz" və "Novoye obozreniye" qəzetləri ətraflı məlumat vermişdilər. Qəzetlər yazırdılar ki, Zaqafqaziya Şeyxülislamı cənazə üzərində ölü namazı qıldı, ağ saçlı Qafqaz müftisi Hüseyn əfəndi Qayıbov göz yaşları içində hamını təsirləndirən nitq söyləyib. Bu isə İsa Sultanın böyük vətənpərvər və şəxsiyyət olmasından xəbər verirdi. O, 1891-ci ildə kollegiya müşaviri mülki rütbəsini almışdı. Bu isə Rusiya ordusunda polkovnik rütbəsi demək idi. Atanın ölümündən sonra gənc ana olmazın əziyyətlərini çəkməyə başladı. Səkinə (Sofiya) xanım təkbaşına 6 qızı böyütmək və oxutmaq üçün bütün iradəsi ilə həyatın çətinliklərinə sinə gərdi. O, Naxçıvanın kəndlərində olan torpaq sahələrini satdı. Bununla bağlı arxiv sənədləri də var. Elə indinin özündə də "Səhnə xanımın yeri (torpağı)" adı Cəhridə işlənməkdədir. O, qızı Leyla bəyimi təhsil üçün Cenevrəyə göndərdi. Lakin Leyla xanım Isveçrədə xəstələnib vəfat etdi. Bu münasibətlə hətta satirik jurnal olan "Molla Nəsrəddin" kədər dolu nekroloq dərc etdi (1908-ci il 52-ci say). Bu nekroloqu böyük ədib, Şahtaxtinskilər nəslinin ən sədaqətli dostlarından biri, ürəyi vətən qüssəsilə dolu Mirzə Cəlil yazmışdı.
